Выпускники школ текущего года и обучающиеся в учреждениях начального и среднего профессионального образования подают заявление на сдачу ЕГЭ в свое образовательное учреждение, в котором они осваивали программы среднего (полного) общего образования. Другие желающие сдавать ЕГЭ, в том числе выпускники прошлых лет, выпускники иностранных учебных заведений, могут подать заявление в любой региональный или муниципальный орган управления образованием на территории другого города или субъекта Российской Федерации, например, по месту нахождения вуза или ссуза, в который собираются поступать.

В случае если выпускник не набрал минимальное количество баллов по одному из обязательных экзаменов (русскому языку или математике), для получения аттестата можно пересдать один экзамен. Не набрав необходимых баллов сразу по двум обязательным экзаменам, выпускник уже не имеет права на пересдачу и может предпринять попытку сдать ЕГЭ только на следующий год. В этом случае выпускник в текущем году не получит свидетельства ЕГЭ, а вместо аттестата ему выдается справка об обучении в школе.

Выпускники общеобразовательных учреждений текущего года обязаны подать заявление о сдаче экзаменов по выбору с указанием соответствующих общеобразовательных предметов не позднее 1 марта. Заявление подается в администрацию своего образовательного учреждения.

Апелляция о нарушении процедуры проведения ЕГЭ подается уполномоченному представителю ГЭК в день экзамена в пункте проведения ЕГЭ; апелляция о несогласии с выставленными баллами - в конфликтную комиссию или в свою школу (которая оперативно передает апелляцию в конфликтную комиссию) в течение 2-х рабочих дней с момента объявления результатов.